1.氣相色譜不適用于不揮發物質和對熱不穩定物質，而液相色譜卻不受樣品的揮發性和熱穩定性的限制。有些樣品因為難以汽化而不能通過柱子，熱不穩定的物質受熱會發生分解，也不適用于氣相色譜法。這使氣相色譜法的使用范圍受到了限制。 

2.對于很難分離的樣品，用液相色譜常比用氣相色譜容易完成分離，主要有以下三個方面的原因： 

①液相色譜中，由于流動相也影響分離過程，這就對分離的控制和改善提供了額外的因素。而氣相色譜中的載氣一般不影響分配，也就是說，在液相色譜中，有兩個相與樣品分子發生選擇性的相互作用。 

②液相色譜中具有獨特效能的柱填料(固定相)的種類較多，這樣就使固定相的選擇余地更大，從而增加了分離的可能性。 

③液相色譜使用較低的分離溫度，分子間的相互作用在低溫時更為有效，因此降低溫度一般會提高色譜分離效率。 

3.和氣相色譜相比，液相色譜對樣品的回收比較容易，而且是定量的，樣品的各個組分很容易被分離出來。因此，在很多場合，液相色譜不僅作為一種分析方法，而且可以作為一種分離手段，用以提純和制備具有中等純度的單一物質。