傳統的菌落計數器費事、測量結果不準確，全自動菌落計數儀因其使用的自動化程度高、分析結果可核對、樣品信息可留存等，已逐漸被越來越多的科研院所、衛生疾控部分所喜愛。

正確使用方法：

1、將電源插頭插入220v電源插座內，將探筆插入全自動菌落計數器上的探筆插孔內。

2、打開電源開關，燈源開關，計數池內燈亮，顯現窗內顯現數字，表示允許進行計數。

3、將待檢的培育皿放在計數池內，用探筆對所有的菌落逐一點數，顯現窗內數字自動累加。

4、用放大鏡仔細檢查，承認點數無遺漏，計數完畢。

5、顯現窗內的數字為該培育皿內的菌落數。

6、記載數字后取出培育皿。按歸零鍵，顯示恢復，為另一培育皿的計數做好準備。

現在隨著科技的進步，菌落計數技術日趨完善。主要體現在配置越來越高，功能越來越全。計數的速度越來越快，準確性也越來越精準。